Agama asli orang Timor berpusat pada kepercayaan adanya dewa langit yang disebut Uis Neno. Dewa ini dianggap sebagai pencipta alam dan pemelihara kehidupan di dunia.
Upacara-upacara yang ditujukan kepada Uis Neno bermaksud untuk meminta hujan, meminta sinar matahari, memperoleh keturunan, kesehatan, dan kesejahteraan.
Di samping itu orang Timor juga percaya kepada dewa bumi yang disebut Uis Afu. Uis Afu dianggap sebagai dewa perempuan yang mendampingi Uis Neno.
Upacara-upacara yang ditujukan kepada Uis Afu adalah untuk meminta berkah bagi kesuburan tanah yang sedang ditanami.
Masyarakat adat Timor pada masa lampau juga mempercayai akan adanya makhluk-makhluk gaib yang mendiami tempat-tempat tertentu, misalnya di hutan-hutan, mata air-mata air, sungai-sungai, dan pepohonan tertentu.
Mahkluk- mahkluk halus tersebut ada yang bersifat baik dan ada yang bersifat jahat, dan dianggap sebagai pemilik atau penjaga tempat-tempat yang didiaminya itu.
Orang melakukan upacara-upacara dan sesaji-sesaji pada saat-saat tertentu guna memuaskan makhluk-makhluk halus tersebut, khususnya pada saat permulaan penggarapan tanah.
Upacara semacam itu dipimpin oleh pejabat desa yang merupakan ahli-ahli adat mengenai tanah yang disebut tobe. Daerah-daerah yang dihuni makhluk-makhluk halus tersebut ada yang dianggap keramat dan ada yang dipantangkan untuk didatangi atau untuk dijadikan ladang.
Masyarakat adat Timor mempercayai bahwa roh-roh nenek moyang seperti makhluk-makhluk halus lainnya dianggap berpengaruh terhadap jalannya kehidupan manusia.
Terjadinya berbagai malapetaka atau bencana, sakit maupun kesukaran-kesukaran hidup sering kali dianggap sebagai suatu tindakan dari makhluk-makhluk halus, karena manusia telah lalai melakukan upacara sajian untuk makhluk-makhluk halus tersebut.
Jika ada bencana, maka seorang dukun dipanggil untuk mencoba menemukan sumber dari bencana dan kemudian berusaha untuk menolaknya dengan menggunakan obat-obatan dan mantra-mantra yang dianggap sanggup mengusir atau mengalahkan makhluk-makhluk halus yang menjadi penyebab bencana.
Dalam menjalankan tugasnya, dukun dibantu oleh makhluk halus tertentu yang akan memerangi makhluk-makhluk halus penyebab terjadinya bencana.
Di samping itu makhluk halus pembantu dukun dapat diperintah oleh dukun ahli sihir tertentu untuk mencelakai orang lain.
Roh-roh nenek moyang dipuja melalui upacara-upacara dan sajian-sajian pada peristiwa-peristiwa yang terjadi di dalam kehidupan masyarakat atau dalam suatu keluarga yang berkaitan dengan siklus hidup manusia.
